Autocommit vil ikke hjælpe dig her, start transaction tilsidesætter det.
De dinglende transaktioner bliver rullet tilbage så snart forbindelsen udløber ELLER klienten genopretter forbindelsen, alt efter hvad der sker først.
Der er ingen måde at foretage en dinglende transaktion, den eneste mulige mulighed er en rollback.
Hvis du vil forstå InnoDB status output, se:
http://www.mysqlperformanceblog.com/2006/07/17/show-innodb-status-walk-through/