JDBI er ikke særlig velegnet til at konstruere dynamiske forespørgsler. IMO hele pointen med dette bibliotek er at adskille kode og SQL-forespørgsler så meget som muligt.
Dog kan din særlige sag løses ved hjælp af SQL:
COALESCE(:foo, foo)
hvis 'foo' er navnet på kolonnen i tabellen, og :foo vil løses til NULL, så vil mysql SET være effektivt
SET foo=foo
dvs. det vil ikke gøre noget (hvilket er ønsket beavior i dit tilfælde). Hvis :foo ikke er null, vil det svare til
SET foo=:foo