Jeg er ingen ekspert, men jeg tror på
$idListString = implode(",",$idList);
mysql_query("DELETE FROM this_table WHERE id IN ($idListString)");
er hurtigere. Årsagen er, at den kun laver én forespørgsel. Der sendes færre data til serveren, og det hele behandles på én gang, i én kommando.
Generelt, med den anden metode, hvis du har f.eks. 300 værdier, betyder det, at du foretager 300 ekstra funktionskald, 300 kommunikationer til serveren osv., selvom det i praksis kan variere.
edit:Yderligere bør du altid bruge korrekt MySQL-escape, selvom du kan være sikker på, at dataene ikke er skadelige. Se http://php.net/manual/en/ function.mysql-real-escape-string.php og overvej at bruge mysqli eller PDO.