Jeg går ud fra, at du adresserer tabelnavnene med store bogstaver, som fungerede i Windows, men ikke længere virker på Linux på grund af følsomhed over for store og små bogstaver.
Du kunne omdøbe hver database. Men hvis du har adgang til mySQL-konfigurationen, bør du også være i stand til at indstil --lower-case-table-names til 1
.
Jeg har ingen erfaring med muligheden, men ifølge manualen får det mySQL til at opføre sig ufølsomt over for tabeller, som det gør som standard på Windows.