MySQL - skift ELLER til OG

Du kan prøve med having :

SELECT Ads.AdId 
FROM Ads 
JOIN AdsAmenities ON Ads.AdId = AdsAmenities.ads_AdId 
WHERE AdsAmenities.amenities_AmenityId IN (2, 18, 1) 
GROUP BY Ads.AdId
HAVING COUNT(distinct AdsAmenities.amenities_AmenityId) = 3

I tilfældet AdsAmenities.amenities_AmenityId værdier er unikke, du kan springe distinct over del.