Der har været nogle rapporterede problemer med dårlig ydeevne af RDS af folk. Selvom amazon, så vidt jeg har set, ikke har anerkendt disse problemer.
RDS (som bare er en brugerdefineret version af mysql) bruger ESB til storage-backend, og som jeg er sikker på, at du godt er klar over den fejl, de lige har haft med den service.
Jeg har læst mange virksomheder, der bare kører deres egne mysql DB'er i EC2-forekomster, fordi det har vist sig at have mere pålidelig ydeevne.