'Root'-brugeren til MySQL er IKKE den samme som root-brugeren til at logge ind på computeren, så der bør ikke være nogen bivirkninger, forudsat at du GIVER de relevante rettigheder til mysql-brugeren på produktionsserveren.
Det er brugeren nævnt i
$ mysql -u user -p password db_name
som kunne dele et navn med en bruger, der er logget ind på computeren, men det er ikke nødvendigt.
EDIT:bemærk - en almindelig bruger kan starte mysql som root, hvis den korrekte adgangskode bruges i kommandoen ovenfor. Dette vil ikke være det samme som rods adgangskode, hvis du ved hvad jeg mener.
Hvis det ikke er klart, bør du helt sikkert sætte dig ind i betydningen af 'root' i en MySQL-sammenhæng.