Efter at have læst referencemanualen mere omhyggeligt fandt jeg ud af, at den rigtige måde at skrive kolonnelisten på er til sidst i sætningen:
load data infile '/path/to/my/file.csv'
into table myTable
fields terminated by ',' optionally enclosed by '"'
lines terminated by '\n'
ignore 1 lines
(field1, field2, field3,..., fieldk); -- The field list goes here
Lige nu føler jeg mig virkelig dum... men jeg lægger denne viden her, bare hvis nogen står over for det samme problem.