Jeg tror ikke, du kan springe over den adfærd. Du sender teknisk set en streng, så CI fortolker den som sådan og omgiver den blot med anførselstegn.
Jeg tror, du er bedre stillet ved blot at sammenkæde $empIDs i hånden (f.eks. ved at bruge en foreach loop), undslipper dem med $this->db->escape() hvis du vil være sikker.