Da serversidens forberedte erklæringer er deaktiveret som standard fra Connector/J 5.0.5 på , er der en rimelig chance for, at kombineret med introduktionen af fractional anden support i MySQL 5.6.4 de forårsager dit problem.
Prøv at tilføje useServerPrepStmts=false til din forbindelsesstreng (som også skal sikre, at System.out.println udskriver virkelig den SQL, som udføres og ikke kun en tilnærmelse).