Takket være kommentaren fra @marcus-adams fandt jeg ud af det. Du skal bruge '/qn', '/x' og '{installer:mysqlUninstallKey}' som separate argumenter i handlingen 'Kør eksekverbar eller batchfil' i install4j. Hvis du bruger 1 argument med mellemrum, virker det ikke. Med dette fungerer det på 32-bit og 64-bit.
