MySQL udelader rækker, som en bruger allerede har set ved at kontrollere en set tabel

Du skal flytte begrænsningen til uuid_user fra WHERE klausul til ON klausul i joinforbindelsen:

SELECT * 
FROM maintable m 
LEFT JOIN seentable s 
    ON m.uuid = s.uuid AND s.uuid_user = '[user]'
WHERE s.uuid IS NULL;

Ovenstående er den logik, du ønsker her. Nu sker en vellykket joinforbindelse mellem poster fra de to tabeller, hver gang uuid værdier matcher og når uuid_user værdien fra den sete tabel matcher en eller anden værdi. Bemærk, at uuid_user skal bruge værdi ikke match for enhver post, vil den ikke blive filtreret fra, hvilket er, hvad der vil ske med din aktuelle forespørgsel.