Jeg forstår ikke helt dit setup.
@SecondaryTable
er til lagring af en enkelt enhed i flere tabeller, men i dit tilfælde har du en mange-til-en-relation mellem forskellige entiteter (hver er gemt i sin egen tabel), og den bør kortlægges som sådan:
@Entity
@Table(name="server")
public class Server {
@ManyToOne
@JoinColumn(name = "cluster_uuid")
private Cluster cluster;
...
}