Du har kombineret kommasepareret join og Indre sammenføjning hvor du har brugt samme tabel mere end én gang, hvilket ikke er nødvendigt.
Hvis jeg ikke tager fejl, er dette, hvad du leder efter
SELECT `order`.`DATE`,
`order`.`day`,
shop.shop_name,
item.item_name,
scan.stack,
scan.stack_price,
scan.price,
scan.note
FROM `order`
join scan
ON `order`.order_id = scan.order_id
join shop
ON `order`.shop_id = shop.shop_id
join item
ON scan.item_id = item.item_id