Transaktioner er kun atomare med hensyn til andre databaseforbindelser, der forsøger at bruge de samme data, dvs. andre forbindelser vil se enten nej ændringer foretaget af din transaktion, eller alle ændringer; "atomisk", hvilket betyder, at ingen anden databaseforbindelse vil se en mellemtilstand med nogle data opdateret og andre ikke.
PHP-kode mellem forespørgsler vil ikke bryde atomiciteten, og det er lige meget, hvor du forbereder dine udsagn.