Nej, den nuværende version (5.2.10 beta) understøtter ikke det.
Filformatet er dog ikke proprietært - det er et simpelt zip-arkiv. Den indeholder et enkelt XML-dokument, som er den komplette databasemodel. Jeg skrev dette SO-spørgsmål
for et par måneder siden med det samme mål, som du ser ud til at have. Jeg ønskede at kunne gøre svn diff model.mwb
Det svar, jeg fik der, hjalp mig med at skrive et lille script, som pakkede filen ud, før den sendte den til diff-værktøjet. Det fungerede udmærket, og hvis du er interesseret, kan jeg poste det et sted.
Jeg startede også for ganske nylig en tråd på Workbench-forummet om dette spørgsmål. Forhåbentlig kan nogen på udviklingsteamet give noget mere input til dette.
EDIT:det bliver nu sporet af MySQL Bug #51203 med et mål på 6,0.