Jeg kan komme i tanke om to store grunde:
For det første er databaser langsommere end tekstfiler, når det kommer til blot at tilføje oplysninger til en fil. Med en database skal du etablere en forbindelse, overføre data over netværket, gemme dem i en indekseret struktur, osv. Med en fil behøver du kun at skrive fejlen ud til den lokale disk.
For det andet, nogle gange vedrører de ting, du vil logge, den database, der er brudt. Hvis den lokale disk er ødelagt, har du større problemer end at forsøge at generere logfiler. Men du kan logge databaseudfald, selv når alt andet virker.
Når det er sagt, er der masser af situationer, hvor de oplysninger, jeg vil logge, kun er relevante, mens applikationen fungerer korrekt, og når jeg allerede har en databaseforbindelse. I disse tilfælde logger jeg direkte på MySQL.