Jeg har haft dette problem før. ConnectTimeout-egenskaben gælder kun for timeouts, der opstår, når der oprettes forbindelse til databasen, ikke for forespørgsler.
KommandoTimeout angiver dog, hvor længe det skal vente på, at forespørgslen vender tilbage. Jeg tror, standarden er 30 sekunder. Dobbelttjek dokumentationen for dit MySql-bibliotek, men for SqlCommand er CommandTimeout i sekunder og ikke millisekunder.