Jeg havde samme problem. Jeg løste det ved at lave SKIFT KOLONNE (eller ÆNDRE KOLONNE) før TILFØJ KOLONNE.
I dit eksempel ville det give følgende SQL-sætning:
ALTER TABLE `logs`
CHANGE COLUMN `created` `created` DATETIME NULL DEFAULT NULL AFTER `category`,
ADD COLUMN `updated` DATETIME NULL DEFAULT NULL AFTER `created`;