Der er et grundlæggende problem med at have en (MySQL) database tilgængelig på nettet. Med MySQL kan du konfigurere det til at kræve ssh-tunneler eller ssl-certifikater, som begge forhindrer afsendelse af adgangskoder i klartekst. Generelt bliver du nødt til at skrive både din klientsoftware og et stykke serversoftware, der sidder på en server tæt på databasen (og protokollen mellem klient/server).
Ingen af dem er mere korrekte end de andre, men afhængigt af din database (og dine klientmaskiner) kan det påvirke licensomkostningerne.
Normalt ville din klient autentificere brugere med den server-software, du vil skrive, og så ville serversoftwaren bruge et enkelt database-login til at kontakte databasen.