Jeg kiggede på det forkerte sted! Problemet kom ikke fra løberen, men fra SONAR selv. Jeg var nødt til at ændre sonar-konfigurationsfilen '/opt/ekkolod' og genstarte den. På indstillingssiden kan jeg nu se, at ekkolod kører på mysql. Jeg står over for et andet problem med løberen, men det er ikke relateret til problemet ovenfor.
Så sørg for, at både SONAR og SONAR-RUNNER er konfigureret til at arbejde med mysql.