Hvordan definerer man JPA Repository Query med en Join?

Du behøver ikke ON-klausuler i JPA, fordi JPA allerede ved, hvordan entiteter er forbundet takket være kortlægningsannoteringerne.

Desuden vælger du application , som ikke er et alias defineret i din forespørgsel.

Og dine joins giver ingen mening.

Forespørgslen skal blot være

select application FROM Application a
join a.customer c 
join c.users u
where u.id = :userId

Læs Hibernate-dokumentationen for at forstå, hvordan HQL og joins fungerer.