Få fat i en liste over stopord (ikke-søgeord) herfra, fyren har endda formateret dem i php for dig.http://armandbrahaj.blog.al/2009/04/14/list-of-english-stop-words/
Så lav blot en preg_replace på den streng, du indekserer.
Det, jeg tidligere har gjort, er at fjerne suffikser som 's', 'ed' osv. med regex og bruge det samme regex på søgestrengen. Det er dog ikke ideelt. Dette var for en grundlæggende hjemmeside med kun 200 sider.
Hvis du er bekymret for ydeevnen, vil du måske overveje at bruge en søgemaskine som Lucine (solr) i stedet for en database. Dette vil gøre indeksering meget lettere. Du ønsker ikke at genopfinde hjulet her.