Det lyder svært. Jeg forstår ikke hvorfor 32000 - nægter mysql at oprette flere databaser end det? Hvilken fejl får du? Virker vilkårligt - måske er dette en konfigurationsvariabel, der kan ændres?
Et par muligheder. Du kan køre mere end én mysql-server , hver med en anden datamappe. Jeg tror ikke det ville hjælpe, men du kan se nærmere på NDB-lagringsmotoren, den kan klare tablespaces som bare kan lade dig gemme data flere steder.