Jeg stødte på nøjagtig det samme problem i dag efter at have lavet en ændring, der ikke burde påvirke Doktrin på nogen måde (jeg ændrede en kvist skabelon). Efter nogen tid indså jeg, at da det er en mærkelig kompileringsfejl på et mærkeligt tidspunkt, sandsynligvis restarting php-fpm ville gøre tricket. Og det gjorde det.
Måske gør genstart af Apache det samme, hvis du er på mod_php .