Jeg stod over for det samme problem. Grundårsagen var uoverensstemmelsen mellem ikke-nullable @ManyToOne-relation og dataene vedblev i tabellen. Jeg havde dette:
@ManyToOne(optional = false)
@JoinColumn(name="batch_id")
private Batch batch;
hvilket betyder, at batch_id ikke kan være null i nogen række. Men mine rækker havde null værdi for batch_id fremmednøgle. Efter at have fjernet optional =false (som er den forventede forretningsregel), begyndte findById at fungere som forventet.
Fik indikation fra denne tråd:Jeg er træt af at gøre noget med JpaRepository, men kan ikke finde række med findById ,