Jeg mener, at den anden er mere effektiv, da den kun kræver ét valg, men for at være sikker, bør du FORKLARE hver forespørgsel og kontrollere resultaterne.
EXPLAIN select tasks.*
from tasks
where
some criteria
and task.project_id not in (select id from project where project.is_template = 1);
EXPLAIN select tasks.*
from tasks, project
where
some criteria
and task.project_id = project.id and project.is_template <> 1;