Du udfører sandsynligvis ajax-anmodninger, dette er et almindeligt problem...
Jeg vil foreslå dig at bruge sessionsdatabasen og foretage ajax-opkald er ikke at opdatere sessionen...
Gør dette på din sessionsklasse
class MY_Session extends CI_Session {
public function sess_update()
{
$CI =& get_instance();
if ( ! $CI->input->is_ajax_request())
{
parent::sess_update();
}
}
}