Efter en nats søvn fandt jeg følgende løsning.
set @p = GeomFromText('POINT(23.923739342824817 38.224714465253733)');
select municipalID FROM ecovis.municipal_border
where ST_Contains(municipal_border.boundary, @p);
Det virker for MySQL 5.6.1, hvor ST_ præfiks funktion er blevet implementeret. Selvom jeg ikke har nogen målinger fra en klassisk tilgang (røntgenalgoritme), tror jeg, det er ret hurtigt. Det tager 0,17 sekunder at lokalisere et punkt i 2700 polygoner, hvor nogle polygoner har mere end 1.500 punkter.