Du kan ikke oprette fremmednøgler i InnoDB tabeller, der refererer til MyISAM tabeller.
http://dev.mysql.com /doc/refman/5.0/da/innodb-foreign-key-constraints.html
Så ja, du bliver nødt til manuelt at håndhæve begrænsningerne fra din applikationskode, hvis du ikke ændrer lagermotoren.
LIKE '%XXX%' søgninger er ikke fuldtekst; medmindre du faktisk har angivet et fuldtekstindeks og bruger fuldtekstmatchningsfunktioner, behøver du ikke bruge MyISAM-motoren.