Jeg er enig med cgwyllie, du skal skrive en webservice, der fungerer som en API til din database med metoder, der returnerer JSON (eller XML).
Webservice-metoderne kan derefter kaldes fra dit PhoneGap-projekt (jeg vil anbefale at tage et kig på jquery ajax api http://api.jquery.com/jQuery.ajax/ ).
Jeg ville bare skrive webservicen i PHP eller hvilket sprog du er bekendt med.