Hvordan kan jeg fremskynde en MySQL-forespørgsel med WHERE-sætninger på to kolonner?

Du skal have ét indeks på begge felter

ALTER TABLE alert_hit ADD INDEX `IDX-alert_id-timestamp` (`alert_id`, `timestamp`);

MySQL vil også bruge indekset med flere kolonner op til det første felt, for hvilket der er en rækkebetingelse i WHERE-sætningen, så i dette tilfælde betyder rækkefølgen og timestamp skal være sidst i indekset.

Som foreslået af @spencer7593 ved at vælge COUNT(1) i stedet for count(id) kan også være bedre.