Forespørgslen skal være som nedenfor, du har sluttet dig til den samme tabel og dermed problemet med unikt alias. Jeg har tilføjet tabelalias for bedre læsbarhed.
UPDATE
sales_flat_order sfo
INNER JOIN sales_flat_order_grid sfog
ON sfog.entity_id = sfo.entity_id
SET sfo.coupon_code = "newcoupon"
WHERE sfog.increment_id = "12345678" ;