Jeg kan se, at dette spørgsmål er relativt gammelt, men for en sikkerheds skyld:
eCryptfs kan betragtes som et filsystem, så du skal bare montere det og derefter pege på din MySQL datadir
til den monterede mappe. Den eneste ulempe er, at den tilsyneladende ikke understøtter O_DIRECT, men jeg tror ikke, MySQL bruger den, gør det?