Jeg er ikke sikker på, at jeg har nok information til fuldt ud at besvare dit spørgsmål, men Hibernates Native Query-faciliteter kan give dig mulighed for at indlæse en fil på den måde.
session.createSQLQuery("LOAD DATA INFILE :filename INTO TABLE testtable (text,price)").setString("filename", "/path/to/MyFile.csv").executeUpdate();