Jeg ville bestemt gå efter en ORM, i det mindste hvis du arbejder på et stort projekt, som du ikke ønsker at bruge mysqli_* til eller PDO-funktioner/-metoder direkte -- Doktrin
er den mest udviklede/brugte i dag (Det er standard-ORM for symfony Framework og kan nemt integreres i Zend Framework) .
Om E_DEPRECATED fejl, dog :PHP 5.3 er ret ung, og masser af biblioteker/software/projekter er ikke blevet tilpasset endnu -- du vil sandsynligvis have mange af dem i løbet af de næste par måneder :-(