Lav først en sikkerhedskopi af dit /var/lib/mysql/-bibliotek for en sikkerheds skyld.
sudo mkdir /home/<your username>/mysql/
cd /var/lib/mysql/
sudo cp * /home/<your username>/mysql/ -R
Rens derefter MySQL (dette vil fjerne php5-mysql og phpmyadmin samt en række andre biblioteker, så vær forberedt på at geninstallere nogle elementer efter dette.
sudo apt-get purge mysql-server-5.1 mysql-common
Fjern mappen /etc/mysql/ og dens indhold
sudo rm /etc/mysql/ -R
Kontroller derefter, at dine gamle databasefiler stadig er i /var/lib/mysql/, hvis de ikke er det, så kopier dem tilbage til mappen og vælg root:root
(kør kun disse, hvis filerne ikke længere er der)
sudo mkdir /var/lib/mysql/
sudo chown root:root /var/lib/mysql/ -R
cd ~/mysql/
sudo cp * /var/lib/mysql/ -R
Installer derefter mysql server
sudo apt-get install mysql-server
Til sidst geninstaller eventuelle manglende pakker som phpmyadmin og php5-mysql.