CodeIgniters filoverførselsklasse vil gøre dette for dig. indgangen i deres brugervejledning forklarer så godt jeg kunne, så jeg vil pege dig derhen.
I bund og grund skal du bare ændre den controller, de har der, for at inkludere en smule, hvor du placerer filens URL i databasen, hvilket du nemt kan opnå ved at bruge $this->upload->data() og udpakke [full_path] fra det resulterende array, og derefter sende det til en model, der håndterer databaseinputtet.