Desværre skal du manuelt rydde op i mislykkede migreringer til MySQL. MySQL understøtter ikke ændringer af transaktionsdatabasedefinitioner.
Rails 2.2 inkluderer transaktionsmigreringer til PostgreSQL. Rails 2.3 inkluderer transaktionsmigreringer til SQLite.
Dette hjælper dig ikke rigtig med dit problem lige nu, men hvis du har et valg af database på fremtidige projekter, anbefaler jeg at bruge en med understøttelse af transaktions-DDL, fordi det gør migreringer meget mere behagelige.
Opdatering – dette er stadig sandt i 2017, på Rails 4.2.7 og MySQL 5.7, rapporteret af Alejandro Babio i et andet svar her.