Den nemmeste løsning (afhængigt af dine specifikke behov) vil sandsynligvis være at tilføje en på update/insert/delete trigger til din tabel, så du kan udføre ekstra logning, når data indsættes/opdateres/slettes. På den måde vil selv manuelle indgreb på db'en blive dækket...
Tjek http://dev.mysql.com/doc/refman/ 5.1/da/triggers.html for mere information.