Jeg fandt en løsning på dette problem i en aptana forum .
Der står der, at MySQL 5.1-klientbiblioteket ikke spiller godt sammen med Rails 2.2. Løsningen de tilbyder er enkel:download et ældre MySQL-klientbibliotek (libmySQL.dll ) og kopier den til din Ruby\bin-mappe.
Dette virkede for mig (Windows XP, Ruby 1.8.6, Rails 2.3.3, mysql 5.1.33)