Jeg bruger JDBC til at forbinde fra MATLAB til mySQL-databasen. Fungerer problemfrit.
- Download først JDBC-driver til mySQL herfra:http://www.mysql. com/downloads/connector/j/
- Udpak mysql-connector-java-x.x.xx-bin.jar (den seneste version) fil fra arkivet i en mappe
- Føj stien til denne jar-fil i begyndelsen af dit script, hvorefter du kan oprette forbindelse til en database og så videre.
Her er et eksempel på at oprette forbindelse til og forespørge på den offentlige humane genomdatabase:
%# add path to the JAR file you just installed to Java dynamic classpath
javaaddpath('h:\Documents\MATLAB\myJavaClasses\mysql-connector-java-5.1.12-bin.jar')
%# connection parameteres
host = 'genome-mysql.cse.ucsc.edu';
user = 'genome';
password = '';
dbName = 'hg18';
%# JDBC parameters
jdbcString = sprintf('jdbc:mysql://%s/%s', host, dbName);
jdbcDriver = 'com.mysql.jdbc.Driver';
%# Create the database connection object
conn = database(dbName, user , password, jdbcDriver, jdbcString);
gene = 'NF1';
if isconnection(conn) % check to make sure that we successfully connected
qry = sprintf('SELECT geneName, chrom, txStart, txEnd FROM refFlat WHERE geneName=''%s''',gene);
rs = fetch(exec(conn, qry));
rsdata = get(rs, 'Data');
end