Parameteren connect_timeout er kun gyldig på forbindelsestidspunktet. Det er nyttigt at kontrollere, om din DB-server kan nås om 20 sekunder eller deromkring. Når den er tilsluttet, er den angivne timeout ikke længere gyldig.
Jeg kan ikke finde nogen forespørgsels-timeout-parameter på den officielle mysql-manualside:http://dev.mysql.com/doc/refman/5.5/en/server-system-variables.html så jeg tror ikke det er muligt.