Sådan gjorde jeg det:
map_ids = session.query(Table1.map_id). \
filter(Table1.xxxx == 'xxx_value')
q = session.query(Table2). \
filter(Table2.map_id.in_(map_ids.subquery()))
q.delete(synchronize_session=False)
Nøglen her er, at du opretter underforespørgsel ved at finde id'er, der skal slettes. Så bruger du 'in_'-operatoren til at vælge poster, der skal slettes. 'synchoronize_session=False' vil udføre forespørgslen uden at opdatere sessionen. Dette giver det bedste ydelsesboost.