Nej.
MySQL- og MySQLi-udvidelsen er "drivere", der tager sig af kommunikationen mellem PHP og MySQL-databaseserveren;
det gør de ikke ændre rækken af SQL-kommandoer, som MySQL-serveren forstår.
Så så længe DB-abstraktionslaget tager sig af, hvilke PHP-funktioner der skal bruges til hvilket formål for dig (og et framework som CI burde helt sikkert gøre det), er der ikke noget at bekymre sig om i forhold til de faktiske forespørgsler.