Efter mere gravearbejde (læs hektisk google) fandt jeg problemet og løsningen her
Den nederste linje, når websted A accepterer en anmodning, indlæser php sine .env-variabler for hele længden af http-anmodningen. Under denne anmodning, når websted A ringer til websted B, da de er på den samme server, der kører den samme php, bruger php stadig .env fra websted A og indlæser slet ikke websted B's .env-fil separat.
Forfatterens bedre forklaring: