Sørg for, at du fortæller PDO, at værdien er et heltal og ikke en streng; hvis PDO sætter det som en streng, så bliver MySQL nødt til at typecaste værdierne til sammenligning. Afhængigt af hvordan det går til dette, kan det forårsage store opbremsninger ved at få MySQL til at undgå at bruge et indeks.
Jeg er ikke helt sikker på opførselen her, men jeg har haft dette problem med Postgres for et par år tilbage...