mysql_query() er ikke en del af PDO, så de DLL'er, du tjekker (som er PDO's dll for MySQL-understøttelse), er ikke den, du skal kontrollere. Du vil tjekke php_mysql.dll (.så på linux-servere).
Men PDO er bestemt den rigtige måde at få adgang til MySQL på. Det er meget bedre end at bruge mysql_query().
Læs mere her, på PHP's PDO-side .