Fordi du kører på Tomcat, forestiller jeg mig, at den bedste måde at få adgang til databasen ville være at skrive en webservice, der håndterer kommunikationen mellem appen og serveren.
Webtjenesten vil blive skrevet i Java for at køre på TomCat ved hjælp af JSP.
Jeg gætter på, at du forsøger at kommunikere direkte med MySQL-databasen (dvs. køre SQL-kommandoer på databasen direkte), men jeg tror ikke, du kan gøre dette (selvom aldrig prøvet eller undersøgt det), jeg har altid været under indtrykket af, at du har brug for noget kode på serveren for at sidde derimellem.