Du skal oprette en mod-omskrivning, der tog den første mappe og sendte den som en $_GET-parameter.
Prøv dette:
RewriteEngine On
RewriteBase /
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} -f [OR]
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} -d
RewriteRule ^(.*)/$ index.php?user=$1
Det burde omskrive alt efter '/' som index.php?user=directory